分析内容
1. 数据质控
2. 蛋白功能注释：GO 注释、COG 注释、KEGG 注释、结构域注释
3.蛋白定量分析：蛋白定量结果、蛋白表达水平聚类分析、重复性分析
4. 蛋白差异分析：蛋白差异分析结果、差异蛋白火山图、差异蛋白聚类热图
5. GO 富集分析：GO 富集结果、GO 富集柱状图、GO 富集有向无环图、
6. KEGG 富集分析：KEGG 富集结果、KEGG 富集气泡图、KEGG 富集通路图
7. 结构域富集分析：结构域富集结果、结构域富集柱状图、差异蛋白互作分析、
8. 差异蛋白互作分析
9. 转录组关联分析
样本类型
蛋白质溶液，组织样品、细胞及体液样品（具体送样量请咨询各驻地项目经理）
代表性文章
Collins B C , Hunter C L , Liu Y , et al. Multi-laboratory assessment of reproducibility, qualitative and quantitative performance of SWATH-mass spectrometry[J]. Nature Communications, 2017, 8(1):291.
Rouwette T , Sondermann J , Avenali L , et al. Standardized profiling of the membrane-enriched proteome of mouse dorsal root ganglia provides novel insights into chronic pain[J]. Molecular & Cellular Proteomics, 2016, 15(6):mcp.M116.058966.
案例展示
蛋白定量DIA用于慢性疼痛的研究
Standardized Profiling of The Membrane-Enriched Proteome of Mouse Dorsal Root Ganglia (DRG) Provides Novel Insights Into Chronic Pain
研究背景
慢性疼痛是一种治疗方案有限的复杂疾病。虽对其发病机理进行了多次研究，但各结果间存在较大不一致性，主要受限于传统蛋白质组shotgun技术固有的缺陷。发病机制依然不清晰。
实验设计
炎症性疼痛和神经性疼痛两种模型鼠及其对应control鼠共4组，各3个生物学重复
每个生物学重复由10-13只鼠pooling而成
解剖获得同侧背根神经节膜部分提取蛋白进行DIA蛋白定量
图 实验设计类型
主要发现
1）DDA建库鉴定到3067个蛋白，迄今鉴定数最多的背根神经节蛋白研究。
2）DIA四组都鉴定到的蛋白有2526个，其中CFA和Vehicle都鉴定到的有2581个；SNI和Sham都鉴定到的2600个，表明实验重复性较好。
3）炎症性和神经性疼痛差异蛋白分别为64和77，两种模式共有差异蛋白为12个。
4）其中Serca蛋白在两种模式小鼠中表达量变化相反，表明两种疼痛的调控机制不同。
5）western blot和免疫组化对上述DIA结果进行了验证。
图 四组实验模型的蛋白聚类分析
参考文献
Rouwette T , Sondermann J , Avenali L , et al. Standardized profiling of the membrane-enriched proteome of mouse dorsal root ganglia provides novel insights into chronic pain[J]. Molecular & Cellular Proteomics, 2016, 15(6):mcp.M116.058966.
