转录组测序（RNA-Seq）是指利用第二代高通量测序技术进行cDNA测序，全面快速地获取某一物种特定器官或组织在某一状态下的几乎所有转录本。 随着后基因组时代的到来， 转录组学、蛋白质组学、代谢组学 等各种组学技术相继出现，其中转录组学是率先发展起来以及应用最广泛的技术。
RNA-Seq具有以下优势：
（1）通量高，运用第二代测序平台可得到几个到几百亿个碱基序列，可以达到覆盖整个基因组或转录组的要求；
（2）灵敏度高，可以检测细胞中少至几个拷贝的稀有转录本；
（3）分辨率高，RNA一Seq的分辨率能达到单个碱基，准确度好，同时不存在传统微阵列杂交的荧光模拟信号带来的交叉反应和背景噪音问题；
（4）不受限制性，可以对任意物种进行全转录组分析，无需预先设计特异性探针，能够直接对任何物种进行转录组分析。同时能够检测未知基因，发现新的转录本，并准确地识别可变剪切位点及SNP、UTR区域。
RNA-seq技术能够在单核酸水平对特定物种的整体转录活动进行检测,从而全面快速地获得该物种在某一状态下的几乎所有转录本信息。由于转录组测序可以得到全部RNA转录本的丰度信息，加之准确度又高，使得它具有十分广泛的应用领域。主要应用于：
（1）检测新的转录本，包括未知转录本和稀有转录本；
（2）基因转录水平研究，如基因表达量、不同样本间差异表达；
（3）非编码区域功能研究，如microRNA、非编码长RNA (IncRNA)、RNA编辑；
（4）转录本结构变异研究，如可变剪接、基因融合；
（5）开发SNPs和SSR等。
